Gli architetti David Childs e Daniel Libeskind hanno perfezionato il "concetto" del grattacielo, creato congiuntamente nel dicembre 2003, da un anno e mezzo. Quando la versione aggiornata era quasi pronta, il Dipartimento di Polizia di New York è uscito con una richiesta tardiva di rendere l'edificio più sicuro, proteggendolo il più possibile dagli attacchi terroristici, in particolare dall'esplosione di una bomba piantata in un'auto.
Di conseguenza, la torre è stata spostata dalla carreggiata di 12 metri e la sua base è stata trasformata in un piedistallo monolitico con un'altezza di 20 piani (60 m). In totale, la struttura salirà a 1.362 piedi (415 m), pari all'altezza di una delle torri gemelle, e insieme al parapetto del tetto, la sua altezza sarà di 1.368 piedi (417 m), che è la stessa del seconda struttura. L'altezza totale, grazie a un'enorme antenna-guglia, raggiungerà i simbolici 1.776 piedi (541 m) - nel 1776 gli Stati Uniti ottennero l'indipendenza.
Nel processo di rielaborazione del progetto, la forma energica e contorta verso l'alto della prima edizione è scomparsa e la guglia, posta sul bordo del tetto della torre, che fa eco alla mano alzata della Statua della Libertà, è stata spostata in un centro stabile. La pianta si è trasformata da parallelogramma in un quadrato di 60 m di lato, come nei vecchi grattacieli del WTC. La struttura leggera in cima alla torre di cavi e turbine eoliche è completamente scomparsa.
La base cubica dell'edificio, dove sono previste solo piccole feritoie a 9 m di altezza, ospiterà l'atrio ed i piani tecnici. L'esterno del blocco sarà movimentato da lamiere incise.
L'architetto paesaggista Peter Walker, per il quale questo è il secondo ordine nel nuovo complesso del WTC, è chiamato a ravvivare lo spazio circostante: insieme a Michael Arad ha realizzato anche un progetto di memoriale alle vittime di attentati terroristici.
Sopra, il quadrato del piano si trasformerà dolcemente in un ottagono, e poi di nuovo in un quadrato. In generale, il nuovo progetto ha molto di più in comune con il vecchio World Trade Center e, dato il piedistallo monolitico del grattacielo, supera di gran lunga i suoi predecessori per severità e inaccessibilità. La risposta ai terroristi, che l'edificio dovrebbe incarnare, si è trasformata da una sfida al mondo della libertà a una sfida a un potente impero.
