Developers, Related Companies e il Vornado Realty Trust, hanno assunto la filiale di New York dello studio di architettura HOK, che ha lavorato con i designer del vetro James Carpenter Design Associates, per preparare il nuovo progetto. Va notato che questo ufficio è stato all'origine del progetto per il nuovo complesso della stazione e ne ha sviluppato una versione preliminare all'inizio degli anni '90. La versione originale di David Childs (SOM) è stata smentita a causa di un cambiamento nella planimetria originale: ora verranno preservate le aree molto più grandi dell'ufficio postale del 1914 di quanto si pensasse in precedenza.
Il progetto del valore di 818 milioni di dollari sarà implementato non prima del 2011. Dietro la facciata restaurata in stile Beaux-Arts, ci sarà una sala dei treni con 11 binari, in pianta - una piazza con un lato di 43 m, accanto ad essa sarà una sala di interscambio (60 x 18 m), che collega il stazione ferroviaria con stazioni della metropolitana, e il Corridoio Est / Ovest (90 x 18 m), attraverso il quale sarà possibile entrare nella nuova ala del complesso.
È possibile accedere alla stazione attraverso 33 ingressi. Sarà servito da circa 3.300 persone.
Un hotel e negozi appariranno nei locali del nodo dei trasporti; è prevista anche la costruzione di edifici residenziali.
L'atrio dei treni sarà coperto da un tetto ondulato in vetro sostenuto da pilastri in acciaio, che dovrebbe ricordare ai passeggeri la vecchia Penn Station, che si trovava di fronte all'ufficio postale e fu demolita nel 1963.
La luce diurna illuminerà anche l'interno attraverso speciali "fossi" vetrati nei marciapiedi in prossimità delle pareti esterne della stazione e attraverso tubi di vetro posati all'interno dei supporti in acciaio dello spazio dell'edificio principale.
La nuova stazione prende il nome dal defunto senatore di New York Daniel Patrick Moynihan, un attivo sostenitore del progetto.
