Il nuovo terminal, che comprende anche un grattacielo - Transbay Tower, collegherà nove reti di autobus e ferrovia e servirà non solo la San Francisco Bay Area, ma l'intero stato della California.
Pelly ha vinto un concorso di architettura per la stazione nell'autunno del 2007, battendo Richard Rogers e SOM in finale. Caratteristica distintiva dell'opzione vincente è il parco City-Park con una superficie di oltre 2 ettari sul tetto del terminal. Oltre all'area ricreativa verde di cui la metropoli ha bisogno, svolge anche il ruolo di "eco-filtro", assorbendo i gas di scarico degli autobus, raccogliendo e riciclando la pioggia e le acque "grigie", prevenendo il surriscaldamento dell'edificio per il caldo.
L'architetto sottolinea l'espressività delle forme del suo edificio: le sue facciate sono realizzate sotto forma di una catasta di alberi in vetro e acciaio, e le curve ondulate dei soffitti ricordano petali di fiori. Una nuova piazza - Mission Square, coperta da volte in vetro, funge da "porta d'ingresso" al terminal. Accanto ad esso verrà costruito un nuovo grattacielo: la Transbay Tower, che fungerà da punto di riferimento per la stazione nel paesaggio di San Francisco.
Le sale d'attesa e piazzali del Transbay Transportation Center saranno collocate una sotto l'altra, linee bus - in superficie, ferrovia - metropolitana. L'illuminazione naturale in tutte le aree del terminal sarà fornita da "colonne luminose" - pozzi di luce che permeano tutti i livelli del complesso.
La costruzione della stazione inizierà nel 2010 e sarà completata nel 2014.
