Gli architetti austriaci hanno vinto un concorso per questo progetto nel 2001 e la sua attuazione non è stata facile: il processo di costruzione è stato interrotto per due anni e la sua prima fase includeva esclusivamente la costruzione di una fondazione su pali (la lunghezza totale dei pali battuti era 536 m). Erano necessari, poiché il museo è stato eretto su un debole suolo costiero - alla confluenza del Rodano e del Sona. Confluenza si traduce in "unione"; è anche il nome dell'intera area adiacente alla "freccia" (punto di confluenza, "punto di confluenza").
Il museo è un edificio importante su scala cittadina: la sua posizione di rilievo lo rende un "faro" e un simbolo dell'intero nuovo distretto di Confluence - una ex penisola zona industriale vicino al centro di Lione, che ora è in fase di costruzione con attività culturali istituzioni, uffici e edifici residenziali progettati da importanti architetti.
L'edificio Coop Himmelb (l) au si trova su percorsi pedonali trafficati, pertanto, per non creare un ostacolo alla circolazione dei cittadini, l'edificio è rialzato rispetto al suolo, e sotto di esso si trova una "piazza" con una tavola calda.
Il Museo della Confluenza è composto da tre parti. Il "plinto", su cui si trova la suddetta "piazza", ospita due auditorium (rispettivamente per 327 e 122 posti), locali per alunni delle scuole vicine, magazzini e laboratori, sale riunioni. Glazed Crystal è una hall con una rampa a chiocciola, scale e ascensori e una libreria. Il terzo e più importante volume è una "Nuvola" in acciaio inox con una struttura portante come un ponte. Sono presenti 9 sale (4 per mostre permanenti e 5 per mostre temporanee) e laboratori "pubblici"; il livello superiore ospita gli uffici amministrativi e il tetto ospita una caffetteria e pannelli solari. I bracci a sbalzo "volanti" dell'edificio sono ispirati dai flussi d'acqua che si fondono fianco a fianco.
Il budget del progetto era di 185 milioni di euro (3980 euro al metro quadro).
